La hidroenergía no contamina el aire o el agua. De todas formas las instalaciones de una planta hidroeléctrica pueden ocasionar numerosas consecuencias al ambiente, modificando el entorno y perjudicando el uso de la tierra, casas, y el hábitat natural que circunda a las instalaciones.
La mayoría de las plantas de energía hidráulica cuentan con una represa y un reservorio. Estas estructuras pueden obstruir la migración de los peces y afectar sus poblaciones. La operatividad de la planta de hidroelectricidad puede modificar la temperatura del agua y el curso del río. Estos cambios pueden dañar plantas y animales tanto en el río como en tierra firme. Los reservorios pueden cubrir las casas de la gente, áreas naturales importantes, tierras agrícolas, y lugares arqueológicos. Por esto es que la construcción de represas puede implicar la reubicación de viviendas y poblados.
El metano, un fuerte gas de efecto invernadero, puede formarse en algunos reservorios y emitirse hacia la atmósfera.