La Puerta de Apolo está muy cerca de Chora, a la pequeña isla de Palatia, que une la tierra con una franja de tierra estrecha y baja. De hecho, lo que vemos hoy es la puerta de un templo que condujo desde el capataz hasta el grupo. El Tempo de Apolo en naxos data del siglo VI y fue iniciado por el tirano Ligdamis en un intento de presentar un templo equivalente, si no mejor y más grande, el templo de Zeus Olímpico en Atenas, que estaba construyendo el tirano Pisístrato y el templo de Hera en Samos tirano Polícrates. Pero después de la caída de la tiranía en Naxos, el templo quedó incompleto.
El templo arcaico fue Ionico, tenía una longitud de aproximadamente 59 metros y una anchura de alrededor de 28. Tenía entrada desde el oeste, que es inusual en tales templos en el tiempo. Anteriormente, había un santuario abierto, una capilla simple con un altar. Hoy distingue sólo los cimientos del templo majestuoso, la base del altar y las enormes dimensiones de la puerta, que los locales modernos llamar Portara, debido a su enorme tamaño, ya que tiene una altura de casi 6 metros y una anchura de más de 3,5. La construcción de la puerta estaba hecha de cuatro piezas grandes de mármol local, cada una de las cuales pesa muchas toneladas. El tamaño y el peso del mármol salvaron la puerta de los venecianos que no la usaron, como el resto del templo en la construcción del castillo de Chora.
En frente del templo, delante de la puerta había probablemente 4 o 5 escalones elevados por encima del nivel del suelo de la iglesia, que es el sitio de los estudiosos asocian con un posible ritual de culto Delion Apolo. Cuando los milesios y los eritreos asaltaron Naxos para conquistarla, usaron el islote Palatia como una fortaleza.
Durante el siglo V o VI el templo se convirtió en una basílica crstiana, cuyo uso se extendió hasta la época veneciana, por lo que fue destruido por completo cuando los mármoles fueron utilizados por los venecianos para la construcción de otros edificios, en particular el Castillo de Chora. Mientras la basílica estaba operando, un asentamiento, bastante notable en ese momento, sobrevivió hasta la destrucción del templo. Debido a que el nivel del agua del mar desde la antigüedad hasta ahora se ha elevado, las antiguas costas han sido cubiertas por agua. Así que hoy sabemos que Palacios en la antigüedad era una colina baja frente al Castillo y en el medio había una tierra baja.