La arquitectura de las ruinas de Machu Picchu están dividida en sectores: el sector agrícola, una posición de vigilancia, cementerio superior, la roca ritual, el sector urbano, la intiwatana, el grupo de piedras sagradas, el templo de las tres ventanas, puertas de entrada, las fuentes, mausoleo y plazas. El mausoleo monumental es un bloque de piedra en cuyo interior en forma de bóveda muestra algunos ritos o sacrificios que se hacían, en la torreta militar de forma semicircular y con dos ventanas. El acabado de las paredes contrasta con el suelo de medios para trabajar. La misma torreta tiene una entrada hacia el norte llamada Puerta de la Amarus cuyo umbral está formado por dos escalinatas con una serie de orificios que se cree que eran criaderos de víboras.
El palacio rectangular, detrás de la torreta revela un muro de piedras de 4 metros 40 de altura, al noroeste de la torre del Palacio del Inca se encuentra, formado por un pasillo, un patio y tres habitaciones o nichos.
Los edificios principales son: el templo de las tres ventanas, integrado por tres paredes y el mismo número de ventanas; el segundo es el Sagrado Templo, también construido por tres paredes preparadas en forma de un altar, y el tercero, la Mansión Sacerdotal, una enorme habitación con dos puertas en las que el Willaq vivió Umo o sacerdote.
En cuanto a la antigüedad de la ciudadela hay diversas teorías: algunos señalan que se corresponde con el tiempo de pre-inca y otros que es la prueba palpable del avance arquitectónico alcanzado por la dinastía Inca.
Para las construcciones impresionantes y el bello entorno natural de Machu Picchu una de las maravillas del mundo es considerado un Santuario Histórico Nacional protegido por el Gobierno del Perú por la Ley Nº 001.81.AA de 1981, para conservar las formaciones geológicas y restos arqueológicos dentro del Santuario , además de proteger su flora, la fauna y la incomparable belleza de su paisaje.
